Siapkan panci, rebus ayam dengan 2 liter air, daun salam, daun jeruk, lengkuas, jahe, dan cengkeh. Masak hingga ayam empuk dan matang.
Jika ayam sudah matang, sisihkan ayam dan tunggu hingga dingin lalu suwir-suwir. Sisihkan air rebusan ayam untuk dijadikan kuah kaldu soto.
Siapkan teflon, panaskan minyak dan tumis bumbu halus hingga harum. Lalu, tuang ke dalam air rebusan ayam dan masak hingga mendidih sambil aduk rata.
Tambahkan garam dan kaldu ayam bubuk. Aduk rata dan tes rasa.
Haluskan bahan untuk membuat koya menggunakan blender hingga halus.
Jika kuah sudah matang, soto ayam Madura siap disajikan dengan bahan pelengkap sesuai dengan selera.