Bersihkan ikan tongkol, buang bagian ekor, dan kepala. Belah ikan menjadi 2 bagian, lalu buang tulang pada bagian tengah dan samping. Sisihkan.
Blender bahan bumbu halus dengan air secukupnya. Pastikan jangan sampai terlalu encer.
Tuang bumbu halus dalam wadah, lalu campurkan irisan daun jeruk, daun kemangi, air perasan jeruk purut. Aduk rata.
Masukan ikan tongkol dan ratakan dengan bumbu.
Kemudian, siapkan daun pisang yang sudah dipotong dan dibersihkan. Lalu, masukan ikan tongkol dan lipat daun. Semat pada bagian ujung daun dengan tusuk gigi.
Kukus pepes ikan tongkol dengan api kecil selama 25 menit. Jika sudah matang, angkat dan sajikan.